Départ de Lorient avec le "Morse" pour exercice avec escale à Portsmouth du 30 au 31 Janvier 1964, retour à Lorient le 02 Février.

Le 24 Février il appareille de Lorient pour participer à l'exercice « Magic Lantern ». Il fait escale à Gibraltar le 06 Mars puis à Lisbonne qu'il quitte le 16. Dix jours plus tard il arrive à Lorient.

Le 28 Avril, départ de Lorient avec l"Espadon" pour une « croisière en mer froide » avec escales à Oslo du 16 au 19 Mai et à Amsterdam du 22 au 26 Mai, puis escale à Brest qu'il quitte le 01 Juin pour Lorient. Le 05 Mai a donné lieu à des festivités pour le franchissement du cercle polaire.

Le 18 Juillet il arrive à La Pallice avec l'"Espadon", retour le 31 à Kéroman.

Il appareille le 28 Août pour exercices, puis retour.

Le 19 Septembre départ de Lorient, puis retour.

Départ de Lorient, arrivée à Brest le 12 Octobre, retour à Lorient le 19.

Le 24 Novembre, départ de Lorient, arrivée au Havre le 27, puis retour à Lorient.

Le 06 Décembre, départ de Lorient pour exercice, retour le 22.

Début Janvier 1965, départ de Lorient pour exercices, retour le 09.

Le 04 Février appareillage de Lorient, puis retour le 09.

Le Samedi 13 Février 1965 le Lieutenant de Vaisseau Dyèvre prend le commandement du "Marsouin".

Le sous-marin "Espadon" remplace le "Marsouin" pour la croisière « Lobos ».

Le 15 Mars le "Marsouin" quitte Lorient, il fait escale à La Luz (Grande Canarie), retour le 29.

Départ de Lorient, puis retour le 31 Mars.

Départ de Lorient puis retour le 08 Avril.

Le "Marsouin" et l'"Espadon" appareillent de Lorient le 23 avril pour différents exercices en Atlantique Nord avec escale à Londonderry (Irlande du Nord) du 22 au 26 Mai avec un retour à Lorient le 29.

Départ de Lorient le 30 Juin pour divers exercices dans le Golfe de Gascogne, arrivée à Bayonne le 05 Juillet. Départ de Bayonne le 08, puis retour à Lorient le 13.

Départ de Lorient, puis retour le 08 Septembre.

Départ de Lorient, puis retour le 18 Septembre. Le même jour le Lieutenant de Vaisseau Bertaux prend le commandement du "Marsouin".

Le 21 Septembre le "Marsouin" appareille de Lorient pour entraînement avec les escorteurs d'escadre "Chevalier-Paul" et "Du Petit Thouars" de l'Escadre de l'Atlantique. Retour à Lorient.

Départ de Lorient le 03 Octobre pour exercice, escale à Brest le 11, puis retour à Brest.

Du 18 au 21 Octobre il participe à l'exercice « Amphitrite IV » qui se déroule au large de Quiberon et de Belle-Île. Puis retour à Lorient.

Il appareille le 19 Novembre pour différents exercices dans le Golfe de Gascogne. Il fait escale à Vigo (Espagne) du 01 au 05 Décembre avec le "Dauphin", puis à La  Pallice  du 10 au 15, retour à Lorient le 16.