Le 17 Janvier 1966 le "Marsouin" appareille de Lorient.

Le 07 Mars départ de Lorient avec escale à Bayonne du 11 au 14 Mars, retour le 28. (Article Cols Bleus n°936).

Le "Marsouin" et la "Diane participent à la « Croisière de printemps 1966 de l'Escadre de l'Atlantique » qui va durer du 19 Avril au 12 Mai en Manche, Mer du Nord et Mer d'Irlande avec escale du 07 au 10 Mai à Falmouth (Angleterre). Retour à Lorient le 17 Mai.

Le 30 Mai appareillage de Lorient, retour le 06 Juin.

Départ de Lorient, retour le 31 Août.

Le 08 Octobre le "Marsouin" quitte Lorient, retour le 15.

Le 23 Octobre, "Marsouin" et le "Narval" appareillent de Lorient pour effectuer des exercices dans l'Atlantique, ils  font escale à Gosport (Angleterre)  du 31 Octobre au 02 Novembre. Arrivée à Kéroman le 05 Novembre.

Le 14 Novembre le "Marsouin" et la "Diane" quittent Lorient pour exercices dans le Golfe de Gascogne. Ils font escale à Brest  du 19 au 21 et le "Marsouin" rejoint Lorient le 25.

Le 09 Janvier 1967 le "Marsouin" appareille de Lorient.

Du 12 au 21 Janvier, il participe avec la "Diane" et le "Morse" à un exercice franco-britannique où ils se confrontent aux sous-marins H.M.S. "Alderney" et H.M.S. "Opossum" qui ont fait escale à Lorient avant d'être rejoints par le H.M.S. "Truncheon". Cet exercice se déroule entre la Bretagne et les côtes espagnoles.

Départ de Lorient, retour le 02 Février.

En Mars il participe avec le "Morse" à différents exercices avec l'Escadre de l'Atlantique, retour à Lorient le 14.

Le 28 Mars il appareille de Lorient avec le "Narval" pour exercices. Ils font escale à Pasajes (Espagne) du 03 au 07 Avril, puis retour à Lorient.

Le Samedi 08 Avril le Lieutenant de Vaisseau Lecointre prend le commandement du "Marsouin".

Le 10 Avril il quitte Kéroman pour des exercices sur les côtes de la Bretagne Sud avec escale à Brest du 21 au 22 Avril. Retour à Lorient le 25 dans la soirée.

De Février 1968 à Octobre 1969 le "Marsouin" se trouve en refonte complète à Lorient.

Lors de cette refonte les diesels Schneider sont remplacés par des Pielstick 12PA4.

La propulsion devient diesel/électrique avec 2 M.E.P. et 2 M.E.C.

Les 2 T.L.T. arrière sont enlevés.

Un nouveau massif est mis en place.

Toute l'électronique de détection est remplacée.

Nouvelle silhouette...